داریوش سوم توسط بسوس، شهربان بلخ دستگیر شد و زمانی که اسکندر به هگمتانه رسید، دیگر شاهنشاه ایرانی کشته شده بود. پس از مرگ داریوش، بسوس خودش را اردشیر پنجم خواند و مدعی شاهنشاهی ایران شد و سپس به سمت آسیای مرکزی به راه افتاد. یونانیان می‌گویند که او جسد داریوش را در راه گذاشت و اسکندر آن را پیدا کرده و دستور داد تا وی را با احترام به تخت جمشید بفرستند. اسکندر که بیم آن را داشت که بسوس در سرزمین‌های ایرانی شرقی قدرت را در دست بگیرد،بدون معطلی به آن سمت به راه افتاد و وی را دستگیر کرد. او سپس دادگاهی تشکیل داد و بسوس را به یک مرگ «دردناک و وحشیانه» محکوم کرد. به قدرت رسیدن اسکندر مقدونی تأثیر چندان زیادی در امپراتوری هخامنشی ایجاد نکرد و بسیاری از مورخان امروزی، او را «آخرین شاهنشاه هخامنشی» برمی‌شمارند و با مرگ او در سال ۳۲۳ پیش از میلاد بود که این امپراتوری تجزیه گردید و از بین رفت. پس از تجزیه امپراتوری، دولت‌های بیشماری در سرزمین‌های سابق شاهنشاهی هخامنشی سر برآوردند که بزرگ‌ترین آن‌ها - که جهان ایرانی را نیز تحت کنترل خود داشت - امپراتوری سلوکی بود. یک و نیم سده بعد، ایرانیان شاهنشاهی اشکانی را بنیان نهادند و استقلال خود را بازیافتند.